ناروتو و تیمش استخدام می شوند تا از یک بازیگر جوان در برابر سه جنگجوی سرکش در سرزمین برفی محافظت کنند.
داستان در شهر توکیو اتفاق می افتد، ده سال پیش در این شهربزرگ صنعتی دیواری به نام دروازه شیطان ظاهر می شود، دروازه ای که دارای هیچ دری نیست و بسیاری از مردم کشته می شوند و تغییرات زیادی به وجود می آید و همین موضوع باعث می شود انسان های فرابشری به نام Contractors (پیمانکارها) به وجود بیایند، آنها هیچ رحمی ندارند و کار آنها ترور و کشتن می باشد و...
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
هاروهي يه دختر پسر نماست (!) که با بورسيه وارد مدرسه ي ثروتمندان شده که حتي نمي تواند براي خودش يونيفرم آنجا را تهيه کند. يک روز اتفاقي وارد اتاق کلوپ مهمانداري ميشود و وقتي سعي ميکند آنجا را ترک کند، يک گلدان را مي شکند و چون نمي تواند پولش را پرداخت کند به او ميگوند که بايد آنجا بماند و کارهاي اضافي را انجام دهد. اين وضعيت ادامه دارد تا اينکه اعضاي کلوپ تصميم مي گيرند او را هم عضوي از کلوپ کنند. از آنجايي که هنوز نميدانند او يک دختر است برايش يونيفرم پسرانه تهيه مي کنند و...
داستان در آینده‌های تاریک بعد از نابودی قسمت عمده نسل بشر به واسطه یک فاجعه اتمی آغاز میشود. انسانها به دلیل تغییرات بیولوژیکی حاصل از بمبهای اتمی در شهرهایی زندگی میکنند که توسط حبابهایی برای محافظت احاطه شده است. در این جامعه منظم، انسانها در کنار یکدیگر زندگی میکنند و البته روباتهایی با نام AutoReivs به انسانها جهت رفاه بیشتر کمک میکنند. اما اوضاع همیشه آرام نیست و یکسری از روباتهایی که توسط ویروسی با نام Cogito آلوده شدند شروع به قتلهایی در این محیط آرام و حساس میکنند. در اینجاست خانم کاراگاهی با نام Re-l Mayer به همراه روبات دستیارش با نام ایگی شروع به تحقیقات در مورد پیدا کردن منشا این قتلها میکنند. داستان با اضافه شدن وینسنت مهاجری از شهر مسکو که او هم الان زیر حبابی قرار دارد و بار گذشته ای محنت بار را به دوش میکشد پیچیده تر میشود، از طرف دیگر بزرگان شهر بر روی طراحی یک شبه انسان با نام Proxy کار میکنند که به نظر آنها راه نجات نسل بشر از مشکلات پیش رو است...
زندگي در ژاپن فئودال آسان نيست. خصوصا حالا که فضايي‌ها آمده و همه چيز و همه جا را به تصرف خود درآورده‌اند! خب البته، اوضاع بيمه و بهداشت عالي شده، اما ممنوعيت عمومي استفاده از شمشير، بسياري از سامورايي‌هاي شکست‌خورده را با تصميم سختي رو‌به‌رو ساخته که همانا انتخاب مسير زندگي آينده‌شان است! اين موضوع، خصوصا در مورد افرادي از جمله گينتوکي ساکاتا صدق ميکند که به شغل درازمدت و منظمي پايبند نيستند. اين شد که گينتوکي، دنبال شغل آزاد رفته و هر کاري به او پيشنهاد شود، مي‌پذيرد، البته تا جايي که حقوق آن به اندازه‌ي کافي باشد. اما ...
در خط زمانی متفاوتی ژاپن پس از جنگ به مناطق جداگانه تقسیم شده است. در یکی از این مناطق به نام هوکیادو برج بلندی ساخته شده است که حتی از توکیو نیز قابل رویت است. در تابستان سال 1996 سه دانش آموز به هم قول می دهند به وسیله هواپیمای دست ساز خود از مرز بگذرند و راز برج را فاش کنند...
سال ۱۹۲۸ بعد از میلاد،نیویورک،آمریکا بعد از جنگ جهانی اقتصاد شکوفا شده و البته حضور چیزی تاریک تر و گناهکارانه تر خیلی بیشتر از گذشته احساس می شود،گناهکاران شیطانی.مجدلیه دستور تشکیل گروهی را می دهد تا این نیرو را نابود کنند دو تن از این گروه روزت کریستوفر و و دستیارس چورنو هستند. آنها هر دو عضو سازمانی این چنینی بوده اند هر چند هدف اصلی انان پیدا کردن برادر گمشده روزت،جوشو می باشد.
انيمه درباره ی پسري به نام "ناراتو" كه در دهكده ای با نام "كونوها" ( برگ ) زندگي مي كنه . پدر مادر "ناراتو" بعد از به دنيا امدن او از دنيا رفتند و او تنها زندگي مي كند . وقتي "ناراتو" نوزاد بود هيولايي به نام "كيوبي" را در بدن او مهر كردن و به خاطر همين قضيه تمام مردم دهكده از ناراتو مي ترسند و به نوعي او را از خودشون طرد كردند . سپس "ناروتو" تصمیم می گیرد ...
یک کامیون که حامل تانکری است در حال عبور از بزرگراه مورد حمله هلیکوپتری ناشناس قرار می گیرد و تانکر آن منفجر میشود. غافل از اینکه داخل آن تانکر پر از نوعی ویروس بسیار مهلک بوده. حالا این ویروس در تمام سطح شهر پخش شده و جان افراد را تهدید می کند. دولت برای خرابکاری که عامل این فاجعه است جایزه ای تعیین می کند، و یک جایزه بگیر بنام «بیباپ» برای گرفتن آن دست به کار می شود...
